De ornitologiske samlinger består af ca. 120.000 skind fra 5700 arter, hvoraf halvdelen er fra Danmark og det nordatlantiske område. Æggesamlingen omfatter ca. 17.000 æg, primært indsamlet i de nordlige lande, men inkluderer også nogle nu katalogiserede eksotiske æggesamlinger. Den anatomiske samling omfatter c 11.000 prøver i ethanol og 15.500 skeletter (for halvdelen af disse bevares huden også). Vævssamlingen omfatter ca. 35.000 prøver fra 3.600 arter med bred geografisk dækning. Museet har 6.000 monterede fugle fra hele verden, primært fra tidligere udstillinger. Sjældenheder inkluderer et kranie og anden type materiale af Dronten (Raphus cucullatus) og subfossilt materiale af Dronten og Rodriges solitaire (Pezophaps solitaria); to opsillede skelleter, et æg, blødt væv (i ethanol) og skeletdele af Gejrfulgen (Pinguinus impennis); og et eksemplar af de tre tilbageværende Koreagravand (Tadorna cristtata) samt 78 typeeksemplarer. Næsten alle objekter er identificeret til artsniveau, dog henstår 15% af samlingen endnu at blive katalogiseret. Samlingen digitaliseres løbende og omkring 65.000 katalognumre er digitaliseret.