Den herpetologiske samling består af krybdyr og padder og indeholder ca 50.000 eksemplarer samt 140 type-eksemplarer. Samlingen indeholder alle danske arter samt en bred dækning af europæiske arter. Derudover er der også en god dækning fra det tidligere Dansk Vestindien, Brasilien, sub-Sahara Afrika, Filippinerne samt Sydøstasien.

Omtrent 2,700 arter er registreret. De fleste eksemplarer er bevaret i sprit, og igennem de sidste 10 år er der sikret DNA prøver fra alle indsamlede dyr.