Samlingen af fisk er en af de vigtigste af de store, gamle samlinger i Europa, der går tilbage til Forsskåls Fiskeherbarium fra 1761-1767. Fiskesamlingen rummer omkring en tredjedel af de 35.000 kendte fiskearter. Både fersk- og saltvandsarter fra hele verden er repræsenteret. Omkring 250.000 eksemplarer er registreret. Særligt rige samlinger kommer fra de danske marineekspeditioner "Ingolf", "Dana", "Atlantide" og "Galathea". Samlingen har rigeligt materiale fra danske farvande og tidligere kolonier som Grønland og Vestindien.